核釋修正公布所得稅法第14條之1、第24條及第24條之1有關金融商品相關課稅規定
一、以前發行之短期票券，於99年到期兌償之利息扣繳率問題
- 集中保管結算機構等兌償利息：按20%扣繳率扣繳稅款。中華民國境內居住之個人、非居住者及無固定營業場所之營利事業，得於扣繳稅款繳納之日起5年內，檢附身分證明文件、買賣成交單或短期票券交易及應退稅額彙總表，申請退還實際持有期間按規定扣繳率與20%扣繳率之稅款差額。實際持有期間指首次或中途買入後持有至99年到期兌償或到期前出售之期間1。
- 金融機構發行之可轉讓定期存單：由發行機構兌償利息時，持票人為境內有固定營業場所之營利事業按20%扣繳，其餘依納稅義務人身分適用不同扣繳率1。
- 免稅機關持有短期票券：如中央銀行、公益團體等，扣繳義務人應依相關函令辦理扣（免）繳1。
二、證券化商品利息課稅 個人或營利事業持有以前發行之受益證券或資產基礎證券，於以後取得利息時，扣繳義務人應依納稅義務人身分按適用扣繳率扣繳稅款，不得按利息所屬期間比例適用修正前後稅法1。
三、附條件交易課稅 以前承作之附條件交易於以後到期者，到期賣回金額超過原買入金額部分為利息所得，扣繳義務人應按納稅義務人身分適用扣繳率扣繳稅款，無論交易開始時間1。
四、結構型商品課稅 以前承作且交易完結日為以後者，應以契約期間收入減除成本、費用及已開立扣繳憑單之利息所得後餘額為所得額，按納稅義務人身分扣繳稅款。個人扣繳後不併計綜合所得總額1。
五、其他課稅問題
- 證券化商品收益計算：營利事業持有者按信託財產收入減除成本及費用後計算利息所得，不適用持有期間計算及扣繳稅款抵減1。
- 附條件交易扣繳義務：以後到期者依修正後稅法扣繳；以前到期者仍適用修正前規定1。
- 借券與融資交易處理：
- 實物交割結構型商品：交割標的為上市（櫃）股票者，按交易完結日收盤價計算收入1。
- 短期票券營業稅：銀行業等買賣發票日在以後之短期票券，按賣出價與買入價差額或兌償差額課徵營業稅1。
—1: 核釋98年4月22日修正所得稅法部分條文有關金融商品課稅規定（財政部解釋令）。
