為釐清公司以發行特別股與被收購公司股東進行股份轉換，並約定於特定期間內收回特別股之併購方式所產生之課稅疑義，財政部已明確規定如下：公司之股東依企業併購法第29條規定，以原持有之該公司股票，轉換取得他公司發行之特別股者，各該讓與已發行股份予他公司之股東，其所抵繳他公司發行特別股股款之金額超過其原始取得成本部分，屬證券交易所得；嗣後該發行特別股之公司贖回特別股時，其支付該等特別股股東之金額，超過股份轉換時該等股東以讓與之股份抵繳特別股股款金額之部分，屬股利所得（投資收益），應依規定課徵所得稅。
財政部指出，依據企業併購法第4條第5款規定，股份轉換係指公司經股東會決議，讓與全部已發行股份予他公司作為對價，以繳足公司股東承購他公司所發行之新股或發起設立所需股款之行為。次依該部69年5月5日台財稅第33561號函規定，公司發行新股，認購股東以持有他公司股票抵繳出資股款，所「抵繳」股款之金額超過其取得成本部分，屬證券交易所得。為資ㄧ致處理，該部乃規定，公司股東依企業併購法第29條規定，以原持有之該公司股票，轉換取得他公司發行之特別股者，各該讓與已發行股份予他公司之股東，其所抵繳他公司發行特別股股款之金額超過其原始取得成本部分，屬證券交易所得。
至於嗣後發行特別股之公司贖回特別股時，本質為股本的退還，非屬證券交易稅課徵範圍，其特別股股東取得之對價，超過換股時抵繳特別股股款金額部分，應屬股利所得(投資收益)之範圍，應依規定課徵所得稅。
財政部進一步舉例說明，被收購公司A之股東甲原持有該公司股份1,000股(取得成本每股11元)，股份轉換後取得B公司發行之特別股1,200股(每 股面額10元)，並約定6個月內由B公司以每股10.5元收回特別股。則股份轉換時甲以A公司股份抵繳B公司發行特別股股款之金額(1,200股×每股面 額10元)超過其原始取得成本(1,000股×每股成本11元)之差額1000元，屬證券交易所得，依所得稅法第4條之1規定得免徵所得稅，惟應依所得基 本稅額條例有關規定，計入基本所得額課徵基本稅額；特別股收回時，B公司支付予甲之金額(1,200股×每股收回價格10.5元)，超過股份轉換時甲以讓 與之股份抵繳特別股股款金額(1,200股×每股面額10元)之差額600元，屬股利所得（投資收益），應依規定課徵所得稅。
