總機構在中華民國境外之營利事業，在中華民國境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難者，可依所得稅法第25條第1項規定，向財政部申請國際運輸業務按其在中華民國境內之營業收入之10%，其餘業務按其在中華民國境內之營業收入之15%為中華民國境內之營利事業所得額，並依所得稅法第98之1規定繳納稅款。
總機構在中華民國境外之營利事業，依第二十五條規定經財政部核准或核定適用該條規定計算其中華民國境內之營利事業所得額者，應依左列規定繳納其應納營利事業所得稅：
- 在中華民國境內設有分支機構者，應由該分支機構依照第六十七條之規定繳納暫繳稅款並辦理暫繳申報。年度終了後，再依第七十一條之規定繳納結算應納稅款並辦理結算申報。
- 在中華民國境內未設分支機構而有營業代理人者，應由營業代理人負責扣繳。營業代理人依約定不經收價款者，應照有關扣繳規定負責報繳或報經主管稽徵機關核准由給付人扣繳。
- 在中華民國境內未設分支機構及營業代理人者，應由給付人於給付時扣繳。
上開申請案件以往統由財政部賦稅署受理，因基於簡政便民及事權統一之考量，自本（96）年4月1日起授權由各地區國稅局受理。財政部於96年4月11日以台財稅第09604514270號令頒定「外國營利事業申請適用所得稅法第25條第1項規定計算所得額案件審查原則」並自即日起生效，俾利徵納雙方有所遵循。
其申請程序，應由外國營利事業自行或委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業代為申請，依式書具「外國營利事業申請適用所得稅法第25條第1項計算所得額申請書」，並檢附授權書正本、合約書影本（含原文本及中譯本）等文件乙份，郵寄至臺北市國稅局辦理（地址：臺北市108萬華區中華路1段2號）。
審查原則及相關申請書表：
- 外國營利事業申請適用所得稅法第25條第1項規定計算所得額案件審查原則（財政部96年4月11日台財稅字第09604514270號令）
- 外國營利事業申請適用所得稅法第25條第1項計算所得額申請書 [PDF]
- 授權書（適用申請所得稅法第25條第1項之規定）
- 外國營利事業申請適用所得稅法第25條第1項規定計算所得額申請書[pdf]
