很多企業或公司，負責人校長兼撞鐘，帳務上也不特別分析負責人提供勞務、資金、自有房屋之機會成本，因此負責人可能僅將每年之獲利申報為營利（股利）所得。在兩稅合一實施後，因企業所繳納之營所稅可完全扣抵，除了租賃以外，以營利所得取代其他類別之所得，最終負擔之實質稅率，並無太大不同（不考慮非居住者股東）。甚至因此申報純益率上升，大大降低徵納雙方之歧見而減少查帳風險。
自民國104年起，兩稅合一稅額減半扣抵，獨資企業主也需繳納營所稅（小規模企業主除外），企業主可能又走到民國八十七年以前的老路，改以薪資所得取代營利所得。底下就針對新制後以「薪資所得」、「租賃所得」及「營利所得」申報，其最終稅費（包含營所稅、綜所稅及二代健保）負擔作一簡單分析。
編按：利息部份財政部有所得稅法43條反自有資本稀釋侍候，本文不予介紹。
試算範例假設如下：
- 該企業非小規模營業人，企業主與股東無非居住者身份。
- 該企業有成立投保單位並有其他受雇者，負責人投保金額43,900元，故需繳納投保單位負擔之二代健保；若僅雇主1人加保或未成立投保單位者，其稅費負擔將降低。
- 營利（股利）所得採超過43,900*12=526,800元，扣取補充保費；若為獨資合夥企業主盈餘，其稅費負擔將降低。
- 租金採每月支付一次，每次5,000元以上扣取二代健保；分次給付時，其稅費負擔將降低。
簡單結論：
- 調整前淨利120,000元以下，綜所稅稅率0％者，不用傷腦筋，以營利所得申報即可。
- 調整前淨利300,000元以下，都需繳納二代健保補充保費時，以營利所得實質稅費最高、租賃所得次之、薪資所得最低。
-
調整前淨利超過300,000以上，以營利所得實質稅費最高、薪資所得次之、租賃所得最低，然租金需符合當地租金行情為宜。
| 扣除負責人相關所得前淨利 1,000,000 元時 |
營利所得 |
薪資所得 |
租賃所得 |
| 調整前淨利 (A) |
1,000,000 |
1,000,000 |
1,000,000 |
| 負責人薪資/房租 (B) |
0 |
(980,392) |
(1,000,000) |
| 投保單位負擔二代健保 (C) |
0 |
(19,608) |
0 |
| 稅前淨利 (D) |
1,000,000 |
0 |
0 |
| 營所稅 E=D*17% |
(85,000) |
0 |
0 |
| 營利/薪資/租賃所得 (F) |
915,000 |
980,392 |
1,000,000 |
| 薪資扣除額/租賃成本 (G) |
0 |
(128,000) |
(430,000) |
| 所得人負擔二代健保 (H) |
(7,764) |
(5,560) |
(20,000) |
| 所得淨額 I=F-G-H |
907,236 |
846,832 |
550,000 |
| 個人綜合所得稅(S)-稅率 0% 時 |
0 |
0 |
0 |
| 實際稅費 T=C+E+H+S |
92,764 |
25,168 |
20,000 |
| 稅費比例 K=T/A |
9.28% |
2.52% |
2.00% |
| 個人綜合所得稅(S)-稅率 5% 時 |
45,362 |
42,342 |
27,500 |
| 實際稅費 T=C+E+H+S |
138,126 |
67,509 |
47,500 |
| 稅費比例 K=T/A |
13.81% |
6.75% |
4.75% |
| 個人綜合所得稅(S)-稅率 12% 時 |
108,868 |
101,620 |
66,000 |
| 實際稅費 T=C+E+H+S |
201,632 |
126,788 |
86,000 |
| 稅費比例 K=T/A |
20.16% |
12.68% |
8.60% |
| 個人綜合所得稅(S)-稅率 20% 時 |
181,447 |
169,366 |
110,000 |
| 實際稅費 T=C+E+H+S |
274,211 |
194,534 |
130,000 |
| 稅費比例 K=T/A |
27.42% |
19.45% |
13.00% |
| 個人綜合所得稅(S)-稅率 30% 時 |
272,171 |
254,050 |
165,000 |
| 實際稅費 T=C+E+H+S |
364,935 |
279,217 |
185,000 |
| 稅費比例 K=T/A |
36.49% |
27.92% |
18.50% |
| 個人綜合所得稅(S)-稅率 40% 時 |
362,894 |
338,733 |
220,000 |
| 實際稅費 T=C+E+H+S |
455,658 |
363,901 |
240,000 |
| 稅費比例 K=T/A |
45.57% |
36.39% |
24.00% |
| 個人綜合所得稅(S)-稅率 45% 時 |
408,256 |
381,075 |
247,500 |
| 實際稅費 T=C+E+H+S |
501,020 |
406,242 |
267,500 |
| 稅費比例 K=T/A |
50.10% |
40.62% |
26.75% |
僅雇主1人加保或未成立投保單位者，毋須繳納投保單位之補充保險費
標題： 有關無第一類第一目至第三目被保險人（受僱者）之投保單位（亦即僅雇主1人加保或未成立投保單位者），如何計算繳納投保單位之補充保險費？ 回覆內容： 一、依全民健康保險法（以下稱健保法）規定，有一定雇主之受僱者應由其服務機關、學校、 事業、機構、雇主或所屬團體成立投保單位，辦理其受僱員工及眷屬參加健保投保手續， 並依規定負擔及扣收繳健保費。投保單位如未依規定為其受僱員工及眷屬辦理投保手續者，除追繳保險費外，並按應繳納之保險費，處以2倍至4倍罰。
（參考健保法§8、§11、 15、§27、§30、§84）
二、另依健保法第34條規定，第一類第一目至第三目被保險人之投保單位（即依上述規定之投保單位）每月支付之薪資所得總額逾其受僱者當月投保金額總額時，應將其差額及前條比率（目前為2%）計算應負擔之補充保險費。因此，如無第一類第一目至第三目被保險人之投保單位（亦即僅雇主1人加保或未成立投保單位者），因非健保法第34條所規範之投保單位，毋須繳納投保單位之補充保險費。
健保法34條
第一類第一目至第三目被保險人之投保單位，每月支付之薪資所得總額逾其受雇者當月投保金額總額時，應按其差額及前條比率計算應負擔之補充保險費，併同其依第二十七條規定應負擔之保險費，按月繳納。
